Nếu người đồng tính nam có quan hệ tình dục với người nam khác thì thuộc nhóm hành vi nam có quan hệ tình dục với nam nên các vấn đề về sức khỏe tương tự như nhóm hành vi này. Đọc các vấn đề sức khỏe của nhóm hành vi nam có quan hệ tình dục với nam để biết thêm chi tiết. Nam quan hệ với nam không chỉ bao gồm người đồng tính luyến ái nam, song tính luyến ái nam mà bao gồm tất cả người nam có quan hệ tình dục với nam với mọi mục đích.

Theo báo cáo tiến độ phòng, chống HIV/AIDS năm 2012, tỉ lệ nhiễm HIV trong những người nam quan hệ tình dục với nam ở Thành phố Hồ Chí Minh là 16%, tỷ lệ chỉ đứng sau nhóm tiêm chích ma túy. Tại đây, cứ 5 nam quan hệ đồng giới thì có một người nhiễm ít nhất một trong các nhiễm khuẩn giang mai, lậu sinh dục, lậu trực tràng, chlamydia sinh dục hoặc chlamydia trực tràng.[272] Nguyên nhân dẫn đến tỉ lệ lây nhiễm HIV/AIDS cao do một đồng tính nam thường có nhiều bạn tình, họ thường giới thiệu bạn tình cho nhau và cùng quan hệ, nên chỉ cần 1 người nhiễm HIV thì sẽ nhanh chóng lây lan sang các đối tượng khác. Bên cạnh đó, các đồng tính nam thường quan niệm sai lầm rằng, chỉ có quan hệ khác giới mới bị nhiễm HIV, giang mai, mào gà... còn đồng tính thì không. Họ ít khi sử dụng các biện pháp phòng tránh khi quan hệ tình dục như một khảo sát của Ban quản lý dự án phòng chống HIV/AIDS (Việt Nam) trên 300 đồng tính nam cho thấy một số chỉ sử dụng bao cao su với bạn tình mới quen lần đầu, khi thân rồi họ không đề phòng nữa.[273]

Tương tự, đọc nữ có quan hệ tình dục với nữ để biết thêm chi tiết. Nữ quan hệ với nữ không chỉ bao gồm người đồng tính luyến ái nữ, song tính luyến ái nữ mà bao bồm tất cả người nữ có quan hệ tình dục với nữ.

Năm 2010, một báo cáo của Trung tâm kiểm soát dịch bệnh Mỹ (CDC) cho biết trong số các ca nhiễm HIV mới ở Hoa Kỳ thì số ca thuộc cộng đồng nam thanh niên đồng tính trẻ tuổi cao hơn rất nhiều so với mức chung, có nhiều nguyên nhân cho việc này:

• Tỷ lệ bị nhiễm HIV trong cộng đồng đồng tính luyến ái nam vốn cao, làm tăng khả năng lây nhiễm trong cộng đồng so với dân số thông thường.[274]
• Các yếu tố xã hội như kỳ thị, thành kiến, phân biệt đối xử và thiếu khả năng tiếp cận hệ thống y tế đối với cộng đồng này.
• Nam giới trẻ có quan hệ đồng giới thường có các hành vi nguy cơ cao (như quan hệ tình dục với nhiều hơn 4 bạn tình, tiêm chích ma túy).

Thống kê của Trung tâm kiểm soát dịch bệnh Mỹ năm 2011 cho biết: nam đồng tính có khả năng nhiễm HIV cao gấp 44 tới 86 lần so với nam giới bình thường, và cao gấp 40 tới 77 lần so với nữ giới.[275] Năm 2009, thống kê cho biết có 61% số ca nhiễm HIV mới ở Mỹ là đồng tính hoặc song tính, dù nhóm này chỉ chiếm khoảng 2% dân số Mỹ.[276]

Hoa Kỳ hiện đang cấm nhóm đối tượng nam quan hệ tình dục với nam đi hiến máu "vì họ là một nhóm có nguy cơ cao bị nhiễm HIV, viêm gan B và một số bệnh nhiễm trùng khác có thể được lây truyền qua truyền máu" Vương quốc Anh và nhiều nước châu Âu đã cấm tương tự.[277][278]